很多因素都可以引起锌缺乏症，如各种原因导致锌元素摄入不足、肠道吸收不良、锌元素丢失过多以及长期感染、遗传性吸收障碍等疾病因素，长期服用金属螯合剂等，该病好发于人工喂养的小儿、有慢性肠道疾病的人、有钩虫病或疟疾的人、长期服用金属螯合剂的人。
1、摄入不足：食物中含锌不足为锌缺乏的主要原因，母乳中锌的生物利用率比牛乳或大豆蛋白高，推测这与母乳中一种低分子量成分有关。母乳中的蛋白质与锌结合，被认为比牛乳(蛋白质主要为酪蛋白)更容易消化吸收。人工喂养的小儿容易发生锌缺乏，较大的小儿，应及时添加辅食，添加含锌丰富的动物性食物。如小儿生长速度较快，易发生锌的相对摄入不足。如给予患儿不含锌的完全肠外营养支持，也可导致锌缺乏。
2、肠道吸收不良：如患有消化系统疾病，如慢性腹泻、慢性痢疾、胆囊纤维化、肠道感染等疾病，均可减少锌的吸收。谷类食物中含植酸盐或纤维素，可造成锌的吸收不良。当食物中其他二价离子过多，也可影响锌的吸收。
3、丢失过多：钩虫病、疟疾可造成反复失血、溶血，引起锌的丢失。外伤、烧伤和手术时，因血锌动员到创伤组织处利用，造成血锌降低，大量出汗也会造成锌的丢失过多。
4、疾病：长期感染、发热时的锌需要量增加，同时食欲减退，如不及时补充，则导致锌缺乏。此外，遗传性的吸收障碍性疾病，肠病性肢端性皮炎也可引起锌吸收不良。
5、药物影响：一些药物如长期使用金属螯合剂(如青霉胺、四环素、EDTA等)，可降低锌的吸收率及生物活性，这些金属螯合剂与锌结合从肠道排出体外，造成锌的缺乏。