衣原体性结膜炎高发人群为儿童及青少年，或者生活在卫生条件较差地区的人群。
衣原体性结膜炎是发展中国家贫困人口的一种常见病，该地区不良卫生条件，缺乏卫生意识，通常可通过眼部和鼻部的分泌物传播，并且接触患病者的衣物、毛巾等，也有可能被感染。而常见的发病人群是儿童及青少年，是因为他们的免疫系统尚未完全成熟，抵抗疾病的能力比较差，更容易被传染。