肝内胆管结石的治疗要根据检查发现肝内胆管结石的分布、量及有无引起明显的胆道畸形，狭窄或者梗阻扩张或者是肝脏萎缩或癌变这些情况来综合决定。对于很少很少的结石，又没有明显症状，是不需要特殊治疗，只需要定期体检复查；对于结石比较多，引起明显梗阻或者胆道畸形狭窄，甚至有怀疑肝脏有癌变的可能，需要积极手术治疗，其治疗方式可有胆道探查，肝叶切除，胆肠内引流等。