枕神经痛主要和偏头疼鉴别，偏头疼也叫血管神经性头疼，头疼时有血管搏动或者血管搏动感，疼痛也比较剧烈，部分患者疼痛比较轻，病人伴有其他症状，像血压高或者睡眠不好等。枕神经痛是触电样疼痛，不敢去碰局部，稍微一碰局部，就会出现触电样感觉，并且就像过电样疼。
偏头疼一般在患者头一侧，而且疼痛部位根据枕大、枕小、耳大神经解剖部位不同而不一样，很少有两个枕大、枕小同时发生疼痛情况。根据疼痛的性质、疼痛部位、疼痛伴发症状鉴别，在治疗上，中医以局部治疗为主，整体治疗为辅，相互配合。