治疗肾积水的原则是去除病因和诱因、及早解除梗阻、最大限度保护肾功能，合并感染需要使用敏感抗菌素，预防各种并发症发生。根据积水的病因、程度和肾功能情况，决定具体治疗方案。一般采用的非手术治疗的指征是，对于可能自行缓解的梗阻，如炎症、水肿、输尿管的小结石，但必须在严密观察下进行。
对于肾积水继发的感染，可以做尿培养和尿常规，及时应用敏感抗菌素，常常使用的是第三代头孢，如头孢地尼和头孢克肟以及喹诺酮类，左氧氟沙星和莫西沙星。避免感染反复发作引起肾盂肾炎和肾积脓，对于有结石的患者，可以使用碳酸氢钠碱花尿液或排石药物。