根据色素沉着绒毛结节性滑膜炎的类型、发病部位和疾病进展等的不同，选择的治疗方式也不同，局限型色素沉着绒毛结节性滑膜炎的最佳治疗手段是边缘切除术。对于弥漫型色素沉着绒毛结节性滑膜炎很难根治，理想的治疗是滑膜近乎全部或全部切除术，手术无法切除全部滑膜时可配合放射治疗，也可达到治疗目的。对于骨关节破坏明显的，可行关节成形术。
一、药物治疗
本病一般无需药物治疗。
二、手术治疗
不同类型的色素沉着绒毛结节性滑膜炎具体的手术术式也不同。
1、局限型色素沉着绒毛结节性滑膜炎：由于局限型色素沉着绒毛结节性滑膜炎病变局限、不易复发等特点，通常进行关节镜下手术切除或关节镜辅助下小切口切除，这种类型创口小、预后好，局限型色素沉着绒毛结节性滑膜炎手术切除的复发率，明显低于弥漫型色素沉着绒毛结节性滑膜炎。
2、弥漫型色素沉着绒毛结节性滑膜炎：由于弥漫型色素沉着绒毛结节性滑膜炎病变范围广泛，呈弥漫性、侵袭性生长，多累及整个关节或关节滑囊，手术不易彻底切除病变，故多采用开放性手术，且为滑膜全部或近乎全部切除术。以膝关节为例，多采用前后侧联合入路开放性手术，但开放性手术创伤大，且术后并发症多。对于骨关节破坏严重者，可考虑行关节置换术，以膝关节置换术和髋关节置换术多见。
三、放射治疗
对于弥漫型色素沉着绒毛结节性滑膜炎患者，由于病变范围广泛，病灶不易切除干净，且病变具有易复发特点，多需手术治疗后6~8周后配合放射治疗作为辅助治疗，配合放射治疗的弥漫型色素沉着绒毛结节性滑膜炎患者复发率减低，放射治疗可分为关节外放疗和关节内放疗。
1、关节外放疗：一般于弥漫型色素沉着绒毛结节性滑膜炎术后6~8周后开始进行，采用直线加速器或60钴治疗机进行放射治疗，但具体放疗剂量存在争议。
2、关节内放疗：关节内放疗是通过向关节内注射半衰期短的放射性同位素胶体进而达到治疗的目的，目前应用较多的是165Dy或者90Y，但关节内放疗在临床应用不如关节外放疗多。
四、其他治疗
手术后可采取运动康复训练等恢复关节功能。