儿童身体处于生长发育阶段，身体各器官尚未发育完全，益生菌的安全性是首要条件。其次，国家对于婴幼儿可食用菌株是由严格管控的，选择益生菌时要选含有以下菌株的。国家卫计委下发的公告中《可用于婴幼儿食品的菌种名单》中，一共只有七种益生菌：嗜酸乳杆菌（仅限用于1岁以上幼儿的食品）、动物双歧杆菌、罗伊氏乳杆菌、乳双歧杆菌、鼠李糖乳杆菌、发酵乳杆菌、短双歧杆菌。
建议家长们在给儿童购买食品类的益生菌时，尽量挑选有以上菌种的益生菌产品。如活性较好且多菌株的蓝帽子产品lifespace益生菌粉、合生元益生菌固体饮料、妈咪爱益生菌等。当然，家长也要根据自家孩子的肠胃状态、身体体质等诸多方面来斟酌考虑，才能选到合适的品牌。
另外，儿童的肠道多敏感娇嫩，必要时还是要到医院咨询相关科室的医生或者专业人士后再服用。