克罗恩病主要的临床表现就是腹痛、腹泻、腹部包块以及瘘管形成或者肠梗阻，也可以出现发热、贫血、营养障碍以及关节、皮肤、口腔黏膜等肠外表现，这些临床表现可以反复发作，迁延不愈，最重要的表现就是腹痛、腹泻、腹部包块以及瘘管形成。在瘘管形成中，它是克罗恩病临床特征之一，也有少数病人出现肛门直肠周围病变，比如直肠周围瘘管、脓肿、肛裂等病变。一些肠外表现是很少见的，也可以出现淀粉样变性或者血栓栓塞性疾病，这些都需要详细观察。