藏毛窦的以手术为主要治疗方法。对于没有明显局部感染的藏毛窦，需要完整切除所有炎性组织及窦道，直到骶筋膜。如果藏毛窦伴有局部广泛感染，在尽可能多的切除炎性组织后，需要彻底敞开创面，在局部感染完全控制住后，行二期缝合治疗。对于切除坏死组织范围较广泛的患者，二期缝合时需行局部植皮或游离皮瓣以达到完全填补皮肤缺损的目的。