急性肾盂肾炎一般多见于上行感染。其最常见的治病菌是革兰（-）杆菌，其中以大肠杆菌最为常见，约占急性肾盂肾炎的70%以上。其他依次为变形杆菌、克雷白杆菌、产气杆菌、葡萄球菌等等。绿脓杆菌常发生在尿路器械检查后。近年来，随着广谱抗生素的应用，尿路感染的细菌学特征发生了一些变化，使大肠杆菌比例有所下降，革兰（+）球菌的比例逐渐上升。