血栓闭塞性脉管炎最好发于下肢，表现是肢体的凉、麻、疼，到晚期可以出现静息痛，严重的可以出现足趾和足溃疡、坏疽，以及肢体的坏死，可导致截肢的风险。血栓闭塞性脉管炎可以发生全身其他脏器的血管，如肾动脉，也可以发生血栓闭塞性脉管炎。
早期可以导致肾功能的改变，严重的可以出现肾功能的衰竭。还有年轻的些患者可以出现颈动脉和椎动脉因脉管炎，而导致狭窄或闭塞，患者会出现头晕、头痛，严重的可以出现脑梗塞症状，出现偏瘫、失语等。对于此类患者，一定要明确是否存在免疫系统疾病，而是否处于活动期，要给予系统完整的治疗，否则可能会导致生命危险。