肺泡微结石症患者早期无明显表现，后逐渐出现肺部表现，如呼吸困难、咳嗽、胸痛等，还可出现肺外表现，严重者可引起呼吸衰竭、肺心病。
1、肺部表现：随着疾病的进展，肺泡微结石症患者逐渐出现反复干咳、呼吸困难等症状，部分伴有胸痛、发绀、咯血等症状，可以咳出鱼子状微结石。呼吸困难多表现为活动后出现喘气，呼吸短促，咳嗽呈轻度至重度，可以呈阵发性、持续性，咳白色稀痰。胸痛程度可从轻度至重度，与呼吸相关，呼气或者吸气时疼痛加剧。全身表现为乏力、虚弱、纳差等，合并感染时可出现不同程度的发热，咳黄色浓痰，呼吸道症状明显加重，甚至出现发绀、肺部啰音等体征，严重者可出现呼吸衰竭，长期缺氧会出现杵状指。
2、肺外表现：磷酸钙盐沉积在肺外组织，会导致患者出现肺外表现，沉积于男性外生殖器可引起睾丸萎缩、输精管阻塞以及不育等。