皮肤软骨瘤的病因尚不明确，可能与基因突变和遗传有关，家族中有患本病的人群好发。
该病涉及到许多多条染色体异常，包括五号、六号、十一号及十二号染色体的形态及结构异常。这些研究从细胞遗传学角度证实了软组织软骨瘤并非化生而来，其本质是一种肿瘤性病变。