基底细胞癌治疗方法多样，包括手术、药物、冷冻、激光、光动力疗法等，但彻底治愈基底细胞癌的首选方法还是手术切除。
一、药物治疗
局部药物治疗包括氟尿嘧啶、咪喹莫特、干扰素、白细胞介素-2、维A酸等，作用于局部可对表浅的基底细胞癌有一定的治疗作用。
1、咪喹莫特软膏不直接抑制肿瘤细胞的生长，通过产生多种内源性细胞因子而提高机体免疫力。经咪喹莫特治疗后，患者外周血CD3细胞、cDf细胞和自然杀伤细胞明显增加，明显高于单纯光动力学治疗，CDs+细胞显著降低，亦显著低于单纯的光动力疗法治疗，提示光动力疗法联合咪喹莫特可明显改善患者的机体免疫功能。
2、基底细胞癌对化疗药物不敏感。
3、新型靶向药物Hedgehog抑制剂Vismodegib可以缩小肿瘤。或者肿瘤完全消失，有报道指出，其适应证为眼睑基底细胞癌、高龄并具有多个并发症及不宜手术治疗的患者。
二、手术治疗
对损害在凹凸不平的特殊部位或侵袭性溃疡很深，不宜做其他治疗时，可做外科手术切除和植皮治疗。
1、局部皮瓣转移修复：当肿瘤位于特殊部位如眼睑、鼻尖等，因局限，范围缩小，美观要求较高，此时可采用局部皮瓣转移修复术。其原则为由近及远，由简单到复杂。
2、游离植皮术：当皮损直径大于5cm或老年患者对美观要求不高时可选用游离植皮术。其优点是修复各种形状的创面，取材方便，一般选用耳后或侧颈部较隐蔽的部位，范围选择性足够大，利于手术的操作，但影响美观、局部易复发。
3、Mohs显微外科手术：是一种皮肤外科技术和特殊治疗冷冻组织切片相结合的治疗方法。在显微镜下观察阳性的肿瘤边缘进行手术，逐步切除到安全切缘。是目前最理想、最科学、最可靠的手术方式。
三、放射治疗
该肿瘤对放射线敏感，一般都采用X线治疗，主张分次小剂量照射，持续数周。可以明显减少坏死与瘢痕，特别适合于老年人等不愿手术者。硬斑病样或纤维化型者及复发患者对放射线不敏感，不适宜放疗。
四、营养治疗
1、多数基底细胞癌发展缓慢，对于机体营养的损耗不大，只要注意均衡营养即可。
2、极少数晚期患者需要给予最佳营养支持治疗。不能进食者要保证每日液体量2000ml，从而保证每日所需能量。其中氨基酸750ml，脂肪乳500ml，白蛋白10g。
五、其他治疗
1、冷冻治疗：在临床上适用于社区医院或医疗条件差的地区，同样适用于不适合手术、患者年龄较大及肿瘤直径<3cm的患者。冷冻范围控制在超出肿瘤边缘1~2mm，至少3个冻融周期。
2、5-盐酸氨酮戊酸光动力疗法：近年来5-盐酸氨酮戊酸光动力疗法广泛应用于临床，被视为局部无创或微创治疗皮肤恶性肿瘤的一种快速有效的方法。
3、激光治疗：常用为CO激光及氦氖激光治疗，适用于早期、表浅、皮损小(直径<2am)分化良好的基底细胞癌。
4、基因治疗：通过向有功能缺陷的细胞导入具有相应功能的外源基因，以纠正或补偿其基因缺陷，而达到治疗目的。