我国目前采用病因学分型体系，将肝囊肿分为以下两大类：
1、寄生虫性肝囊肿：寄生虫性肝囊肿又称为肝包虫病，可细分为肝囊型和肝泡型。
2、非寄生虫性肝囊肿：
（1）后天性肝囊肿：包括肿瘤性肝囊肿、炎症性肝囊肿、创伤性肝囊肿。
（2）先天性肝囊肿：属于肝脏的良性囊性病变，来源于胆管上皮细胞，可分为单纯性肝囊肿和多囊肝病。