导致孕酮低的原因是黄体功能不足，足够水平的FSH和LH及卵巢对LH有良好的反应，是黄体健全发育的必要前提。黄体功能不足可以有多种因素造成:卵泡期FSH缺乏，使卵泡发育缓慢，雌激素分泌减少，从而对垂体及下丘脑正反馈不足；LH脉冲峰值不高以及排卵峰后LH低脉冲缺陷，使排卵后黄体发育不全，孕酮分泌减少；卵巢本身发育不良，排卵后的颗粒细胞黄素化不良，孕酮分泌减少。另外生理性的因素，比如初潮、分娩后、绝经过渡期等也可以导致黄体功能不足，孕酮分泌减少。