复杂性肾囊肿是针对单纯性肾囊肿而言，意思就是这个囊肿可能内有出血、感染等等情况，而导致囊肿在检查的时候看起来判断没有那么准确，属于比较复杂的情况。
对于肾囊肿来说，通常认为它是由肾小管的憩室构成，肾小管的憩室不断增大，这个时候它就会脱离肾小管形成一个一个独立的囊泡，囊泡有自分泌的功能，所以这个时候囊肿的囊液会不断增多，囊肿会不断增大，增大到一定程度以后，囊内会出现出血、感染。另外，还有可能会出现钙化、分隔，甚至有的时候还会出现囊液混浊、新生物形成等等，从这个角度看，就算是复杂性囊肿，而且有些复杂性囊肿还要注意和囊性肾癌进行鉴别。