静脉窦血栓的治疗，首先要进行病因治疗，有感染的患者要使用敏感的抗生素，血容量不足者加强补液，有免疫性疾病的需要激素治疗，血粘度高的要扩容、降低血粘度。针对血栓本身要尽早行抗凝治疗，即使是有小量出血，也可以使用，能够明显降低死亡率。用药期间需要监测国际标准化比值，目标值是2~3之间。一般抗凝药物要维持使用6~12个月。早期也可以考虑阿替普酶或者尿激酶溶栓治疗，但是目前并没有证据证明他的疗效比抗凝治疗好。其他主要是对症处理，有高颅压的可以使用甘露醇、甘油果糖脱水，有癫痫发作的吃抗癫痫药。