不排卵的原因有很多种，有可能是一种先天的异常，比如染色体的异常，或者一些畸形的原因导致的不排卵，但是更多见的还是由于下丘脑或者垂体性的原因，以及卵巢性的原因所导致的没有正常排卵。在中枢神经系统以下以及下丘脑，各种功能以及器质性疾病都有可能会导致不排卵，比如精神的应激或者体重的下降，以及神经性厌食等，甚至由于在短时间之内剧烈的运动，都有可能会导致由于运动过量而发生不排卵。
除此以外，还有一些应用的药物原因，比如应用了避孕药，或者应用了治疗神经科疾病，比如氯丙嗪或者奋乃静等，这样一类药物也有可能会导致没有排卵。除了下丘脑性的导致不排卵的原因之外，还有是由于垂体原因所导致没有办法正常的排卵，比如垂体的肿瘤、高泌乳素血症等，或者由于垂体梗死、吸烟史综合征等，都有可能会导致垂体原因的不排卵。