脂肪肝引起的转氨酶升高，可以应用保肝药物，例如肝喜乐片、水飞蓟宾、多烯磷脂酰胆碱、S-腺苷甲硫氨酸等。脂肪肝的治疗主要针对病因进行治疗，如果是酒精性脂肪肝，需要戒酒。如果是高血糖、肥胖引起的脂肪肝，要注意减肥、运动、降脂等对症治疗。
脂肪肝的治疗要限制脂肪的摄入，使体重逐渐下降，但要注意体重下降过快可能会加重肝脏的损伤，应在减肥过程中监测体重及肝功能，运动锻炼要适当，要持之以恒。对高脂血症，饮食限制及结构的调整是主要措施。降脂药物应慎重使用，因为降脂药物对肝脏有一定的损伤，会加重肝脏损伤。降脂药物一般用于血脂明显升高者，在用药过程中要监测肝功能的情况，对糖尿病患者要积极控制血糖。