引起肝脓肿的途径有很多，最常见的还是经胆道感染所造成的，比如说胆管结石，胆道蛔虫症并发化脓性胆管炎时，细菌沿着胆管上行可以造成细菌性肝脓肿的形成。另外细菌还可以通过肝动脉或者门静脉侵入肝脏，比如说化脓性骨髓炎，中耳炎，坏疽性阑尾炎，细菌性痢疾等等。另外肝邻近器官的感染还可以通过淋巴系统进入。而开放性肝损伤时，细菌可以直接进入肝伤口内引起肝脓肿。此外，临床上还有一种特殊类型的肝脓肿，也就是阿米巴性肝脓肿，主要还是由于肠道阿米巴感染所造成，多继发于阿米巴痢疾以后。