法洛四联症常见的不良并发症，主要包括脑血管意外，因为机体长期乏氧出现继发性的红细胞增多，血黏稠度增高，血流滞缓而增加脑梗死的几率。由于异常通道，血流动力学改变，赘生物形成，易引发亚急性的感染性心内膜炎。先天性的肺动脉发育不良，肺静脉回流不畅，容易继发肺部感染。同时长期的容量负荷过重，导致患者出现心力衰竭。低氧，肺部感染，引发呼吸衰竭。