甲状腺功能减退症的治疗方法是甲状腺激素的替代治疗，它的治疗目标是将血清TSH和甲状腺激素的水平恢复到正常范围以内。但是在开始治疗之前，要判断这种甲减是否是永久性疾病，对于亚急性甲状腺炎之后的甲减一般是暂时性，不需要马上开始治疗。
另外，对于药物性甲减停药以后甲状腺功能低下也可以逆转，不需要马上进行激素的替代。治疗药物是左甲状腺素钠片，起始剂量因人而异，要看病人的年龄、体重、病情等具体情况，平均的替代量是1.5μg/kg/d。