精囊的小囊肿可保守治疗，密切观察。精囊囊肿外科手术的目的主要是消除症状，预防并发症和保护精囊生理功能，手术治疗为主的患者治疗周期一般需要一个月左右。
一、药物治疗
抗生素治疗，精囊囊肿合并精囊炎或者前列腺炎症时，可以服用敏感性抗生素进行治疗，如头孢地尼、左氧氟沙星、莫西沙星等。
二、手术治疗
1、经直肠囊肿抽吸术：由于经直肠囊肿抽吸术易于复发和并发感染，所以一般仅用于诊断和复发性囊肿的治疗。
2、经尿道精囊囊肿去顶术：紧临前列腺的精囊囊肿可经尿道在膀胱颈5点或7点外切除部分前列腺实质，行经尿道精囊囊肿去顶术。但容易引起尿液反流、术后滴尿及感染等并发症，较少采用。
3、开放性精囊切除术：开放性精囊切除术手术入路可经会阴、膀胱、膀胱旁、膀胱后即骶尾部途径，可完全切除病变组织并保留输精管，对于多发、较大囊肿或囊肿累及整个精囊者，精囊无保留价值，应予以全部切除。
4、腹腔镜手术切除：精囊囊肿传统开放手术难度大、并发症多，随着腹腔镜技术在泌尿外科的应用，腹腔镜切除精囊囊肿呈现出其优势，如出血少、创伤小、显露良好、术后恢复快、并发症少等，患者大多可取得满意的效果。但术中在分离、切断囊肿时应注意保护周围的神经血管束和对侧射精管，否则可能导致不育。