肾结石的诊断主要是在超声下看到肾脏部位有强的回声并且回声伴有声音，一般就是肾结石。首先如果病人出现腰部疼痛，这个时候应该考虑到肾结石的可能性，一般会要求病人去做肾脏的超声，在肾脏超声下可以看到病人肾脏的部位，特别是肾脏的集合系统里面有强回声，强回声会伴有声音，这时候认为是肾结石。但是如果强回声不伴有声音，一般就提示局部是钙化的情况。
除这之外还可以给病人做肾脏的CT和肾脏的核磁，这样也可以发现病人肾结石的情况。而且还可以应用CT、核磁的方法大致分析病人结石的大致的成分，这样对于结石的预防也有一定好处。