由于先天性小眼球合并眼眶囊肿属于胚裂闭合不全引起，属于遗传和基因突变引起，目前没有特异、有效的预防方法。
先天性小眼球合并眼眶囊肿是在胚胎3-5周时，胚裂闭合过程中因某种原因未能闭合，部分发育不良的神经外胚叶组织突出入眼眶，形成囊肿，由于眼球的缺损常在眼球的下方，因此囊肿也多见于眶下部。可考虑筛查遗传的染色体及突变基因，达到优生优育。