小儿巨幼细胞性贫血治疗以去除病因，补充叶酸和维生素B12为主。应注意治疗初期，由于大量新生红细胞，使细胞外钾转移至细胞内，可引起低血钾，应预防性补钾。
一、一般治疗
1、注意营养，及时添加辅食，加强护理，防止感染。
2、对引起维生素B12和叶酸缺乏的原因应予以去除。
二、药物治疗
1、补充维生素B12：可口服或肌注维生素B12，有神经精神症状者，应以维生素B12治疗为主，单用叶酸反而有加重症状的可能。治疗至红细胞和血红蛋白恢复至正常水平，神经精神症状恢复较慢。
2、补充叶酸：一般为口服，连续数周至临床症状好转，血象恢复正常为止，同时口服维生素C有助于叶酸的吸收。因使用抗叶酸代谢药物而致病者，可用亚叶酸钙治疗，先天性叶酸吸收障碍者口服叶酸剂量应增加才有效。
3、维生素B6：为改善神经系统症状，可适当加用维生素B6。
4、铁剂：治疗期间要适当加服铁剂以供造血细胞所需。
5、补钾：严重巨幼红细胞贫血患儿在治疗开始48小时后，血钾可突然下降，加之心肌因慢性缺氧，可发生突然死亡，严重巨幼红细胞性贫血患儿，治疗时应同时补充钾盐。
三、手术治疗
本病目前无手术治疗。
四、其他治疗
1、对症处理：发生震颤者应给予少量镇静剂，如因震颤影响呼吸者应给予氧气吸入，婴儿患者极易并发呼吸道感染，从而使病情加重，故应尽量预防和积极治疗继发感染。
2、输血：除极重的病例外，不需要输血。