区分肛瘘高位或者低位，主要依据瘘管与肛直环之间的关系。肛直环主要由提肛肌和肛门括约肌组成。当肛瘘瘘管位于肛直环下方是就称之为低位肛瘘，将瘘管切开或者切除以后对肛直环的损伤非常小，不会对患者术后肛门功能造成影响。而如果瘘管位于肛直环上方就称为高位肛瘘，如果将瘘管一次性切开，会导致肛直环受损而引发术后肛门失禁等严重后果。