导致三岁孩子肚子疼的原因，可能有以下几种：
1、急性肠胃炎，儿童在进食不清洁的食物以及生冷的食物以后，可能会发生急性肠胃炎，这样的腹痛往往伴有腹泻、发热等症状。
2、急性肠扭转，小儿在剧烈活动以后出现的腹痛，可能是因为急性肠肠扭转导致的。
3、小儿阑尾炎，急性阑尾炎也会出现右下腹部的疼痛。
4、还有比较常见的可能性是肠系膜淋巴结炎。
5、还有一种是过敏性的紫癜引起的腹痛。
导致小儿腹痛的原因有很多，除了以上几种原因，还有其他多种可能。因此，小儿出现腹,建议及时就医，在医院行正规的检查明确诊断，给予对症治疗。