皮内痣本质是由痣细胞构成的先天良性肿瘤，痣细胞多是机体内的黑色素细胞，各种原因的作用下如基因突变、环境因素、种族差异、遗传等，引起黑色素细胞的异常聚集于真皮内而导致皮内痣，所以浅肤色者、有色素痣家族史的人均好发此病，而紫外线、心理压抑、免疫缺陷等可以诱发此病。
一、主要病因
1、基因突变：研究发现部分皮内痣的发生，尤其是先天性的皮内痣，其病因可能与胚胎发育过程中基因突变而导致痣细胞异常聚集有关。
2、遗传因素：遗传因素的在皮内痣的发生过程中也可能发挥了重要作用，部分患者存在家族聚集的现象。
3、种族差异：白种人发生皮内痣的概率明显高于黄种人，以黑人皮内痣的发病率最低。
4、环境因素：获得性皮内痣的重要原因是环境中的紫外线照射或其他诱发因素，紫外线诱导所产生的过多光化学产物可引起细胞聚集转化。
二、诱发因素
1、激素水平改变：性激素对皮内痣的刺激作用较强，往往会出现青春期增大、增多、变黑的现象。
2、免疫抑制：长期服药免疫抑制剂类药物，或患有免疫缺陷病的患者，发病率明显增加。
3、心理压抑：长期的不良的情绪如心情抑郁、情绪不稳等，会影响脑垂体分泌，进而导致黑素细胞激素增加，形成黑痣。
4、紫外线：长时间的暴露在强紫外线照射下，会导致色素沉积，而出现皮内痣，对于已存在的痣，即使是很淡的黑痣，经过紫外线的照射也会慢慢地变深。
5、不良生活习惯：经常熬夜工作，导致睡眠不足，长期下去就会引起皮肤功能受损，出现黑痣，此外，暴食暴饮也可能造成体内毒素堆积引起病变。