益生菌是临床常用的一种具有肠道细菌调节作用的制剂，正常的肠道细菌对于人体的免疫功能、生长发育以及营养具有十分重要的作用。
肠道益生菌可以通过直接补充，以及协助正常肠道细菌生长等作用机制起到菌群调节的作用，比如双歧杆菌、乳杆菌、肠链球菌等，可以通过直接补充来使肠道内正常益生菌的数量增加，而达到调节肠道菌群的作用。
如枯草杆菌、地衣芽孢杆菌等过路菌，则是通过消耗肠道内的氧气，造成正常肠道细菌生长所需的微好氧或厌氧的环境，起到使正常的肠道细菌数量增加的作用。