先天性肛门闭锁是小儿常见的先天性畸形，占消化道畸形的第1位。常见的后遗症包括2点：第1点，肠管梗阻，多为低位肠梗阻，结肠直肠梗阻。患者出现明显的哭闹，腹痛，腹胀的情况，严重者可以出现肠管穿孔，导致患者死亡。第2点，消化道瘘，常见的是直肠会阴瘘，直肠舟状窝瘘，直肠膀胱瘘，直肠阴道瘘，直肠尿道瘘。以上都需要进行手术治疗。