畸胎瘤和巧克力囊肿相比较，前者更为严重，其原因如下：畸胎瘤常发生在卵巢部位，可以分为成熟畸胎瘤和未成熟畸胎瘤。前者为良性肿瘤，可引起甲状腺功能亢进，也可发生恶变，形成鳞状细胞癌，一旦恶变病人预后较差5年，生存率为15%~30%。而后者为恶性肿瘤，5年生存率仅为20%。巧克力囊肿是子宫内膜异位症累及一侧卵巢或双侧卵巢，而形成的单个囊肿，是一种良性病变。