导致男生不能生育的原因主要有性功能障碍和精子的原因。首先是外生殖器发育异常，出现阴茎发育畸形、尿道上裂或者尿道下裂，不能进行性生活或者不能在阴道内射精；其次睾丸发育异常，出现先天性重度隐睾、小睾丸，导致精子产生不了或者出现重度少弱畸形精子，就会不能受孕；患有先天性或者后天性输精管道不通畅，比如输精管缺如、输精管附睾结核等造成的梗阻性无精子症，都会导致男性不育。