扁平疣预后良好，部分患者可自然消失，故以保守治疗为主。个别患者病程较长，可行激光或冷冻治疗。
一、药物治疗
适用于皮损较多或不宜物理治疗者，但应根据不同情况选择药物及使用方法。
1、水杨酸：为治疗扁平疣最常见用的药物，可促进表皮的脱落，进而消除扁平疣。
2、0.05%~0.1%维A酸软膏：可以通过对细胞免疫、上皮细胞增殖的调节，对扁平疣起到治疗作用，也可使用其他维A酸类药物，如他扎罗汀乳膏等。
3、5-氟尿嘧啶软膏：用此药治疗后，可遗留色素沉着，故面部慎用。
4、干扰素：如a-2b乳膏，可抑制病毒复制繁殖。
5、斑蝥素：可改善皮肤局部神经的营养，并能够止痒。
6、其他：3%酞丁胺霜或3%酞丁胺二甲基亚砜，一般为外用。
二、手术治疗
扁平疣可以通过手术方式将自体疣植入皮下脂肪层，刺激机体释放细胞因子，产生抗病毒抗体，以清除表皮上的人乳头瘤病毒。
三、物理治疗
1、冷冻疗法：医生通常应用液氮产生低温，使皮损坏死、脱落，该方法可能需要多次重复治疗以达到去除皮损。
2、激光治疗：通常采用脉冲染料激光，通过高温使皮损坏死、脱落。
3、自体埋植：可视为一种手术治疗，是将疣体切除后，埋植于皮下脂肪，可刺激机体产生病毒抗体，消灭HPV，降低复发率。
四、中医治疗
选用一些软坚散结及具有腐蚀性作用的中药制剂进行外用点涂，还可以使用清热解毒、提高免疫力的方剂进行治疗。常用中药有桃红四物汤、马齿苋合剂等。