食物不耐受症最主要的病因包括体内缺乏分解酶、食物过敏以及食物具有某些特殊的化学成分，如亚硝酸盐、柠檬酸黄、苯甲酸盐等。
1、体内缺乏分解酶：食物不耐受症的最主要的原因是体内缺乏分解酶，包括乳糖酶、蛋白水解酶、脂肪酶等。
2、食物中成分过敏：引起全身反应的食物，有大比目鱼、米、虾、谷麦食物等。食物不耐受的发生机制可能涉及免疫反应、酶缺乏、药理作用等多个方面，但不包括致病微生物、化学毒物、刺激性食物的毒性反应及对食物的主观厌恶。常见的不耐受食物包括牛奶、鸡蛋、小麦、玉米、坚果、大豆和贝类等，目前可对90余种食物进行检测。