肺荚膜组织胞浆菌病患者的总体治疗为长期持续性治疗，控制症状后也需要1年以上的康复期，通常以一般治疗、药物治疗、其他治疗为主。
一、一般治疗
肺荚膜组织胞浆菌病患者一般治疗以辅助通气治疗为主，可以缓解呼吸困难症状。
二、药物治疗
1、氟康唑：具有代表性的抗真菌药物，在肺荚膜组织胞浆菌病的治疗中是主要药物，也可配合抗生素支持治疗，能够对感染进行有效的控制。
2、糖皮质激素类药物：具有抗炎的作用，可以促进肺部病灶的吸收，对于呼吸困难的症状也有改善的作用，但容易导致肺部感染的扩张，需特别注意。
3、沙丁胺醇气雾剂：典型的缓解支气管痉挛药物，对于肺荚膜组织胞浆菌病患者发病过程中的呼吸困难有着显著的缓解作用，同时也可促进患者的康复。
4、对乙酰氨基酚：对于肺荚膜组织胞浆菌病容易出现的高热、寒战症状有着明显的治疗和缓解作用，可在疾病的发病期迅速退热，以免导致其他严重的并发症。
5、尖吻蝮蛇血凝酶：临床常用的止血类药物，肺荚膜组织胞浆菌病中患者容易出现痰中带血，甚至咯血的症状，究其原因是肺部有出血，需要配合止血药物进行治疗。
三、其他治疗
主要以戒烟、戒酒和适当锻炼为主，烟草和酒精都可以加重肺荚膜组织胞浆菌病的症状，使得疾病发展进程加快最终难以控制。因此，肺荚膜组织胞浆菌病患者必须戒烟、戒酒。另一方面要避免劳累，适当锻炼，增强自身免疫力，也是加快康复的重要方面。