眨眼症如果是眼部疾病引起，最常见病因多是用眼的持续时间过长，也有可能是铅中毒或者偏食，从而导致患者缺乏微量元素，引起眨眼、嘴角抽动、注意力不集中等症状。如果是由于抽动障碍所引起的眨眼症，主要与生物学因素也就是遗传因素有关。
1、用眼过度：长期的过度用眼会导致眼部的疲劳、干涩、怕光等症状，如长时间看电视、玩电脑、打游戏机，频繁的眨眼是为了舒缓眼部疲劳，应对这种刺激而进行的反应，这也是眨眼症的最常见原因。
2、遗传因素：有研究表明，遗传因素对于抽动障碍的发病有着重要作用，从家系调查中发现10%~60%的患者存在阳性家族史。
3、眼部疾患：如果患有沙眼、慢性结膜炎、角膜炎、倒睫等常见眼疾，可导致眨眼症。
4、铅中毒或偏食：患儿缺乏微量元素，如铅中毒可导致眨眼、嘴角抽动、性格烦躁、注意力不集中等症状，表现为眨眼症。
5、神经系统疾患：部分患儿由于面部及眼轮匝肌痉挛可出现眨眼伴面部不自主地抽动，这多是由抽动症导致的眨眼症。
6、心理因素：各种心理因素或者引起儿童紧张、焦虑的原因，都可能诱发抽动障碍，或者是抽动症状加重或者复发，进而引起不由自主的、频繁的眨眼。