阴道斜隔的病因目前尚不清楚，目前公认的原因是与苗勒氏管的发育有关，导致不同程度的双子宫、双宫颈及阴道畸形的发生。
胚胎发育时期，苗勒氏管的发育受到影响，女性生殖道的前身米勒管是左右对称的双侧性管道，通过中线融合、中隔吸收等一系列步骤，最终在中线上形成单一的子宫体、子宫颈和阴道，这一过程可从胚胎5周起，至16周完成。在此期间如果受到致畸因素的影响，妨碍上述的进展，即可导致不同程度的双子宫、双宫颈及阴道畸形的发生。缺乏苗勒管抑制因子导致女性苗勒氏管双向生长，从而形成双子宫、双阴道。Hox和Wnt等基因突变，作为宫腔形态的监管者，与双子宫畸形有或多或少的关联，但是具体的基因突变机制尚未明确。