吃完早饭就拉肚子常常有三种原因，饮食的原因，在平时早餐的时候吃了，如牛奶、咖啡、柠檬水等，可以导致快速的腹泻，因为这类的人体内缺乏消化乳糖酶，导致牛奶的乳糖不能及时消化、分解，引起非感染性的腹泻，或称为乳糖不耐受症。还有些人早餐喝咖啡可以刺激胃蠕动，增加肠道的水分，导致拉肚子。
由于肠功能紊乱，进早餐后或者一天的工作开始，导致肠道的敏感性增加，患者需要排便后能够安心的工作，也就是临床上常说的肠易激综合征。由于慢性胆囊炎、胆囊结石，在进早餐后由于胆汁排泌不畅，或缺乏胆汁的消化功能，导致食物很快进入肠道，引起肠道的水分增加，出现拉肚子。针对不同的病因，可以做相关的检查，进一步的明确诊断。