1、根据囊内容物的性质分类：
（1）胶性囊肿：胶性囊肿主要来源于胶性甲状腺肿，多数由于滤泡相互融合而成，囊壁为扁平的滤泡上皮细胞。其胶质成分多为未碘化的甲状腺球蛋白，囊液较为黏稠，呈淡黄色。
（2）浆液性囊肿：浆液性囊肿大多数源于实性结节性甲状腺肿和甲状腺腺瘤的退行性变，囊液稀薄无色。其形成机制可能是结节的膨胀性生长，压迫静脉血管，引起循环障碍。因组织缺血发生萎缩变性，间质内瘀血水肿，液体积聚从而形成囊肿。
（3）坏死性囊肿：坏死性囊肿是由于甲状腺结节膨胀性生长，压迫静脉血管，引起循环障碍，导致组织发生缺血性坏死，从而形成坏死性囊肿，囊液多为坏死组织。
（4）出血性囊肿：出血性囊肿主要由甲状腺结节的膨胀性生长，压迫静脉血管，引起循环障碍。因周围组织坏死，血管失去组织支持而破裂，从而形成出血性囊肿。囊壁多为纤维结缔组织，上皮细胞较少，囊液为陈旧性血液，呈咖啡色。
（5）混合性囊肿：混合性囊肿的囊液多为坏死组织和陈旧性血液共同组成，较黏稠，囊壁为纤维结缔组织构成。
2、根据囊性变的范围分类：
（1）部分性囊肿：部分性囊肿又称厚壁囊肿，是由于甲状腺结节部分发生囊性变，在囊肿周围或一侧遗留部分实质性肿块而形成。
（2）完全性囊肿：完全性囊肿又称薄壁囊肿，是指甲状腺结节全部发生囊性变，囊壁较薄。