宫颈纳氏囊肿的患者需要根据病人的具体病情选择合适的治疗，如果患者的病情比较轻，没有明显的症状和体征，不需要进行治疗。但如果患者在出现病比较严重，而且伴有明显宫颈肥大、宫颈糜烂、腰酸、腰痛等病情发生时，可以根据病人的年龄、生育情况、病情严重程度选择药物治疗。
也可以选择进行微波、冷冻、激光、利普刀等物理的治疗方法进行治疗。如果病人出现有急性炎症性感染的病变，还可以选择头孢类以及甲硝唑等抗生素类药物进行治疗。