新生儿念珠菌病的致病菌为白色念珠菌，是一种假丝酵母菌，属于条件致病菌，通常存在于正常人皮肤、口腔、上呼吸道、肠道及阴道等处，健康小儿带菌率达5%~30%。新生儿念珠菌病主要好发于早产儿以及低体重儿，免疫力低下可诱发。
一、主要病因
白色念珠菌感染：白色念珠菌是一种条件致病性真菌，由分娩时母体阴道内白色念珠菌感染或因哺乳期婴儿口腔酸度较高，适于念珠菌生长所致。在正常情况下，口腔内有念珠菌存在，一般多与其他细菌有拮抗作用而不致病。在机体抵抗力减低或大部分口腔细菌被杀死的情况下，它就会繁殖而产生病变。
二、诱发因素
免疫力低下：念珠菌是人体的正常菌群，通常寄生于正常人的皮肤、口腔、胃肠道及阴道等部位黏膜上。在正常情况下，机体对念珠菌有完善的防御系统，当人体免疫力低下时，念珠菌就会大量生长繁殖，新生儿免疫低下者易感，健康小儿带菌率达5%~30%，当婴儿早产或先天不足免疫力低下时易感本病。