新生儿血小板减少性紫癜是由多种病因所致的临床表现，因发病机制不同，其治疗及预后亦不相同。通常应用药物治疗，输注血小板、输注血浆，必要时可能手术治疗。
一、一般治疗
1、控制感染：感染性血小板减少性紫癜治疗方面应积极控制感染，宫内病毒感染引起的血小板减少性紫癜，治疗以对症治疗为主，可参照新生儿病毒感染。细菌感染参照新生儿败血症、新生儿感染的抗生素使用。如在治疗DIC时，除积极控制感染，还要改善供氧、纠正酸中毒和电解质紊乱，维持体温等都有助于中止DIC的发展。
2、局部止血：如在穿刺部位局部压迫止血，局部置冰袋冷敷使血管收缩以助止血(但需注意保持正常体温)，有伤口的用凝血酶、冻干人纤维蛋白原海绵局部敷贴止血。
二、药物治疗
1、肾上腺皮质激素：作用是使血小板较快恢复，降低血管通透性，减轻出血倾向，常用药物有泼尼松(强的松)、地塞米松。
2、免疫球蛋白：静脉输注免疫球蛋白可快速提高血小板计数，其达到的峰值高，止血作用快，但作用时间短。主要适用于激素治疗无效或用药后有明显副作用者，也可用于防止大出血。
3、止血药物：由于血小板异常所致出血，可用酚磺乙胺(止血敏)，DIC高凝期用肝素，消耗期可同时补充凝血因子和加用肝素，纤溶亢进期可在肝素基础上加用抗纤溶制剂，如氨基己酸、氨甲苯酸(对羧基苄胺)。
三、手术治疗
脾切除手术：脾切除的效果有限，对于免疫性血小板减少性紫癜，脾切除应列为禁忌。
四、其他治疗
1、输注血小板：快速补充血小板可减少出血，去除抗血小板抗体，当血小板计数<10×109/L或出血严重时应立即输注，以防发生颅内出血和肺出血等。
2、输注新鲜血：输注新鲜血不仅可以中和患儿血清内的抗体，还可以补充血液成分及血容量，有利于病情恢复，对于发生严重出血或早产儿有颅内出血危险时，是急救措施之一。
3、换血疗法：仅在重症患儿应用，可清除抗体并可提供不被破坏的血小板，当患儿合并高胆红素血症时，还可清除血中胆红素。