桥本甲状腺炎大部分最后变成腺功能减退，桥本甲状腺炎是自身免疫性甲状腺炎的一种。每个人都有免疫系统，免疫系统应该是保护我们，像警察一样，但是免疫系统有的时候也会出错，自己伤自己。桥本甲状腺炎就是免疫系统，把甲状腺里的甲状腺球蛋白或者甲状腺微粒体，认为是敌人，产生了自身的免疫反应，造成了甲状腺组织细胞的逐渐受损伤破坏，最后会造成合成、分泌甲状腺激素减少，引起功能的减退，表现为甲状腺一过性地增大，甚至出现萎缩。
虽然桥本甲状腺炎最后的结局大部分是出现甲减，但是也有患者诊断甲减以后功能一直长期维持正常，就需要定期地进行监测。桥本甲状腺炎出现甲减的机会，比没有桥本明显地增加，但是桥本甲状腺炎并不是说最终一定会变成甲减。