急性肾小球肾炎两年还没好，临床多考虑转为慢性肾小球肾炎，治疗需要按照慢性肾炎的治疗，建议行肾活检检查明确病理类型。
如果是少量蛋白尿可以使用ACEI或ARB类药物，如厄贝沙坦、贝那普利等，可以降低尿蛋白，延缓肾功能恶化，也可以使用中药治疗，如虫草制剂，该药临床已证实可以降尿蛋白，保护肾间质。
如果大量蛋白尿需要加用双嘧达莫或低分子肝素钙抗凝，防止高凝状态，根据病理类型使用激素或激素联合免疫抑制剂，如环磷酰胺、他克莫司等药物，可以抑制免疫炎症反应，保护肾功能，也可以使用昆明山海棠或雷公藤多苷片治疗。