肠道的菌群失调首先要明确病因，有一些器质性的疾病会导致菌群失调，如溃疡性的结肠炎以及某些血液病或应用了某些药物影响了肠道的菌群等等。有病因的要针对病因治疗才能取得良好的效果，没有器质性病因的或者对有器质性疾病及辅助治疗的可以选用益生菌。益生菌有很多种，因为肠道中有很多种细菌，其中一部分是有益菌，一部分是有害菌。目前能够买到的有益菌包括双歧杆菌、枯草杆菌、地衣芽孢杆菌、乳酸杆菌等等。这些菌群都是属于有益菌，能够帮助恢复肠道的菌群，抑制有害菌的生成。