脑膜炎奈瑟菌肺炎是由于脑膜炎奈瑟菌感染所引起的，因此要及时的使用相对敏感的抗生素来控制感染，同时出现败血症以及休克的表现时需要进行抢救治疗。本病的治疗周期为短期治疗。
一、急症治疗
若患者感染后合并有败血症的发生，则极易引起休克的表现，如出现高热、心动过速、血压下降、呼吸急促、四肢发冷、皮肤发绀的症状，应及时建立静脉通路，大量补液以及注意保暖，并且时刻监测血压、心电图等。
二、药物治疗
1、β-内酰胺类抗生素：
（1）青霉素：青霉素属于β-内酰胺类抗生素，是使用最广泛的一类抗生素。青霉素具有杀菌作用，可以杀灭导致疾病的多种微生物，用于治疗敏感菌引起的急性感染，青霉素引起的过敏性休克偶见，一旦发生，必须就地抢救，保持气道畅通，吸氧，注射肾上腺素、糖皮质激素等治疗措施。
（2）头孢菌素：头孢菌素类抗生素，是一系列属于β-内酰胺类的抗生素。它可破坏细菌的细胞壁，并在繁殖期杀菌，对细菌的选择作用强，而对人几乎没有毒性，具有抗菌谱广、抗菌作用强、耐青霉素酶、过敏反应较青霉素类少见等优点。
2、氨基糖苷类抗生素：
（1）氯霉素：氯霉素为抗感染药物，通过抑制细菌蛋白质的合成，起到抑制细菌生长的作用，常用于敏感菌引起的各种感染，副作用主要为骨髓抑制，血液病患者应禁用。
3、利福霉素类抗生素：利福平为半合成广谱杀菌药，与DNA依赖性RNA多聚酶的β亚单位牢固结合，防止该酶与DNA模板的结合，抑制细菌RNA的合成，阻断了转录过程，达到杀菌效果。利福平不良反应主要包括畏寒、呼吸困难、头晕、发热、头痛、肌肉与骨骼疼痛、寒战。哺乳期妇女应用本品时应暂停哺乳、酒精中毒者慎用、肝功能损害者慎用。
三、手术治疗
脑膜炎奈瑟菌肺炎以药物和对症支持治疗为主，无手术治疗。