无痛胃镜的死亡率是极低的，因为无痛胃镜是在普通胃镜的基础上，通过静脉给药给患者输入短效的麻醉药，使患者能够快速的进入到睡眠或者镇静的状态中，从而在知不觉中完成了胃镜的检查，所以总体而言无痛胃镜是非常安全的。
但是因为无痛胃镜应用了麻醉药，所以麻醉药有一定的风险，比如有呼吸睡眠暂停综合征的患者，用镇静药的时候有可能会导致血氧的下降。并且心脑血管疾病的患者，在用麻醉药的时候也有一定的风险。所以在做无痛胃镜之前，应该到麻醉科就诊，来评估自己的危险程度，从而决定是选择无痛胃镜，还是普通胃镜。