对于真菌性的鼻窦炎，一般需要进行手术治疗，尤其是急性侵袭性真菌性鼻窦炎，一经确诊要尽早手术，手术要将鼻腔、鼻窦内的真菌、病原体，以及病变组织全部切除，建立鼻窦的引流。
对一些情况不严重的真菌性鼻窦炎，如真菌球性鼻窦炎、变应性真菌性鼻窦炎，以及慢性侵袭性真菌鼻窦炎，可以通过鼻内窥镜下手术清理病变组织，建立鼻窦通畅。同时还要进行药物的辅助治疗，尤其是对于急性侵袭性真菌性鼻窦炎，要给予抗真菌的药物进行治疗。